Mapy restrykcyjne

Jedną z najważniejszych cech enzymów restrykcyjnych jest powtarzalność fragmentacji cząsteczek DNA. Na przykład enzym EcoRI strawi DNA faga A zawsze na 6 fragmentów, a enzym Hindlll - zawsze na 8 fragmentów, podczas gdy enzym EcoRV rozpoczynający czteronukleotydowe sekwencje strawi ten sam DNA na 22 fragmenty. Liczba fragmentów DNA, uzyskiwanych po trawieniu danym enzymem danej cząsteczki DNA, zależy jedynie od liczby sekwencji rozpoznawanych przez enzym, występujących w tej cząsteczce DNA. Wielkość fragmentów DNA, uzyskiwanych w wyniku trawienia danej cząsteczki DNA, jest zależna od odległości między sekwencjami rozpoznawanymi przez enzym. Fragmenty cząsteczek DNA można łatwo rozdzielić, stosując metodę elektroforezy DNA w żelach agarozowych lub akrylamidowych. W żelach tych fragmenty przesuwają się z prędkością zależną głównie od ich masy: droga, jaką fragment przebywa w żelu, jest w określonym zakresie odwrotnie proporcjonalna do logarytmu jego masy. Zwykle wielkość fragmentów DNA uzyskiwanych po strawieniu jakiejś cząsteczki odczytuje się z żeli, na których oprócz badanych próbek DNA nanie^ siono mieszaninę fragmentów DNA o znanej wielkości.