Mikromacierze oligonukletydowe

Mikromacierze oligonukleotydowe, produkowane i spr/edawane przez firmę Affymetrix, podobnie jak opisane wyżej mikromacierze cDNA, działają na zasadzie hybrydyzacji komplementarnych nici kwasów nukleinowych. Różnią się jednak zasadniczo techniką wytwarzania. W tych mikromacierzach sondami są stosunkowo krótkie (20-30 nukleotydów) syntetyczne oligonukleotydy. Syntetyzowane są one chemicznie bezpośrednio na powierzchni mikromacierzy za pomocą techniki fotolitografii, podobnej do stosowanej przy produkcji układów scalonych w mikroelektronice. Dla każdego genu syntetyzuje się ok. 20 sond oligonu-kleotydowych, o sekwencji dobranej przez programy komputerowe dla zapewnienia największej specyficzności. Dodatkowo dla każdej sondy syntetyzowana jest sonda kontrolna, o sekwencji różniącej się nieco od właściwej, dzięki czemu można oszacować poziom tła pochodzącego od niespecyficznej hybrydyzacji. W odróżnieniu od mikromacierzy cDNA wyznakowaną próbkę nanosi się na mikromacierze oligonukleotydowe i odczytuje pojedynczo, analizę porównawczą przeprowadza się na podstawie wyników dwóch lub więcej niezależnych hybrydyzacji. Poza analizą ekspresji genów mikromacierze oligonukleotydowe mogą też być stosowane do analizy sekwencji DNA, np. do wykrywania mutacji. Możliwość tę zawdzięczają bardzo precyzyjnym i specyficznym sondom oligonukleotydowym.