Mikromacierze

Klasyczna hybrydyzacja typu northern jest podstawowym narzędziem badania ekspresji pojedynczych genów. Postępy badania i sekwencjonowania całych ge-nomów stworzyły jednak możliwości jednoczesnego analizowania ekspresji wszystkich genów funkcjonujących w danej komórce, czyli jej transkryptomu. Podobnie jak klasyczne techniki hybrydyzacji, analiza transkryptomu wykorzystuje zasadę komplementarności kwasów nukleinowych. Schemat doświadczenia jest tu jednak odwrócony - fragmenty DNA odpowiadające poszczególnym genom i będące sondami są unieruchomione w określonych miejscach na stałym podłożu, natomiast znakowane są pochodzące z próbki cząsteczki RNA lub DNA, które znajdują się w fazie ciekłej. Układ sond na podłożu nazywa się mi-kromacierzą (ang. microarray) lub czipem DNA (ang. DNA chip), przez analogię z układami scalonymi stosowanymi w mikroelektronice. Mikromacierz składa się z wielu tysięcy punktów naniesionych na podłoże, z których każdy zawiera DNA odpowiadający określonej sekwencji genu, czyli będący pojedynczą sondą. Obecnie stosowane są dwie podstawowe technologie wytwarzania mikromacierzy - mikromacierze cDNA oraz mikromacierze oligo-nukleotydowe (fotolitograficzne).